احمد کسروی از پیشروان اندیشۀ سکولار در ایران است. او شجاعانه از فرهیختگی و خردورزی دفاع می‌کند، با خرافه درمی‌افتد و سرانجام به دست نیرویی که از آمیزۀ تاریخی لومپنیسم و مذهب پدید آمده، به قتل می‌رسد. احمد کسروی، سکولار است، به این معنا که مخالف تمسک به دین در سیاست است. اما او با نفس دین مخالفت نمی‌کند، و آن را در عصر ما به عنوان دین اخلاقی مدنی ضروری می‌داند. به باور او جامعه به وجود دینی که عقلانی و "پاک" باشد، نیازمند است و تنها با اتکا به قانون نمی‌تواند بسامان شود، آن هم با این استدلال که نیروی دین از درون برمی‌آید، اما قانون برای پیشبرد خود به نیرویی بیرونی چون پلیس نیازمند است. او بر این اساس معتقد است که قانون نمی‌تواند جای دین را بگیرد: «ما هم اقرار داریم که قانون برای جهان سودمند و دربایست است، ولی پوشیده نباید داشت که از قانون به تنهایی کاری پیش نمی‌رود.» (آیین ۱۲).
کسروی نه تنها مخالف دخالت کاهنان در کار دولت، بلکه مخالف دستگاه آنان نیز هست و این نکته را در مورد دستگاه علمای شیعی و کشیشان مسیحی تصریح می‌کند، اما با نظر به نمونه دین‌پیرایی در اروپا می‌گوید که مخالفت با کشیشان نباید منجر به دور افتادن از خدا شود (رک. آیین ۵۳).
توجه ویژۀ او به مذهب شیعه است. او خود درس این مذهب را آموخته و از نوجوانی رفتار علمای آن را زیر نظر داشته است.
کسروی تشیع را عقل‌ستیز، ناهمخوان با سامان اجتماعی نو و ملایان آن را نادان، دروغگو، فاسد و عوام‌فریب می‌داند. قضاوت نهایی او درباره تشیع این است که این مذهب بسی دور از آرمان دین مدنی است (رک شیعی‌گری، صص ۲۰۲-۲۰۰). کسروی باوری دینی‌وار به خرد دارد و تصور می‌کند که عقلانیت چنان توانمند است که بتواند "آیین" خویش را گسترش دهد و جای مذهب‌های خرافی را بگیرد. او خواهان بازگشت به خویش است، اما این خویش را با آنچه سنت‌اش می‌خوانند یکی نمی‌گیرد و حتّا بر این نظر است که عادات کهن چه بسا باعث می‌شوند که ما با خویش بیگانه شویم. خویشتنی که او می‌خواهد بدان بازگردد، ساده، اخلاقی و خردورز است. او "خود" ایرانی را برخوردار از این خصوصیت‌ها می‌داند.
کسروی ناسیونالیست است، ناسیونالیستی خردگرا. او مذهب مسلط شیعه را مانعی دوگانه تصور می‌کند: مانعی در برابر گذشته برای بازیابی هویت خردگرای ایرانی و مانعی برای یک «سررشته‌داریِ» سزاوار حال و آیندۀ کشور، یعنی برقراری حکومتی بسامان و سامان‌بخش. او طرفدار نظامی سکولار است، ولی دغدغۀ اصلی او هویتی است که به آنچنان خودآگاهی‌ای ارتقا یابد که دیگر از ملایان فرصت بازی در عرصه سیاست و عوام‌فریبی را بگیرد. او به این خاطر دست به تلاش‌های وسیعی در جهت‌های مختلف می‌زند. برای پیرایش فرهنگ و زبان می‌کوشد، بازگوکنندۀ تجربه‌های انقلاب مشروطه می‌شود، به انتقاد از تجربۀ تمدنی اروپا می‌پردازد، دربارۀ تقلید از اروپا زنهار می‌دهد، و به طور ویژه با شیعی‌گری درمی‌افتد.
او از پندارِ اسلام ایرانی می‌گسلد، از این پندار که تشیع اسلام ایرانی است، گویا این مذهب یکی از سازه‌های ایرانیت است و برای حفظ هویت ملی باید آن را پاس داشت. او معتقد است که تشیع در زمان صفویان نقش سازنده‌ای ایفا کرده، اما دیگر آن نقش را ندارد. به نظر او شیعه امروزی «شیعه روضه‌خوانی و زیارت است»، زمانی در دست ترکان جنگ‌آور از اسباب جنگ با سنیان بوده است، ولی اکنون ایران غرب را دربرابر خود دارد و در جهانی دیگر به سر می‌برد که شیعه از آن درکی ندارد: «در زمان صفویان جهان حال دیگری می‌داشت و امروز حال دیگری می‌دارد. امروز زندگانی تنها با جنگ و شمشیر زدن نیست و هر توده‌ای باید در همه‌ی کارهای زندگی دلبستگی از خود نشان دهد و همه‌ی هوش و پروای خود را در راه نیکی زندگانی به کار اندازد وگرنه از دیگران پس افتاده نابود خواهد گردید. زمان صفویان با این زمان از هر باره جدا است.» (شیعی‌گری ۱۶۳).
به نظر کسروی شیعی‌گری اصلاح شدنی نیست و از آن نمی‌توان دین مدنی ساخت. او در این رابطه به ویژه حساسیت ویژه‌ای به دروغگویی دارد. او برای برآمد ملی به پالایش فرهنگی سفارش می‌کند و با آنچه به نظرش زیان‌رسان‌های اصلی به فرهنگ کشور اند درمی‌افتد: «صوفی‌گری، خراباتی‌گری، باطنی‌گری، علی‌اللهی‌گری، بهایی‌گری و مانند این‌ها هر کدام زیان‌های بسیاری به کشور رسانیده؛ لیکن شیعی‌گری که کیش انبوه مردم است زیانش بسیار بیشتر بوده.» (شیعی‌گری، ص ۲۰۲).
کسروی پسین سخت نگران سرنوشت ایران است. او پس از سقوط رضاشاه با نگرانی شاهد فعال شدن متشرعان است. نگرانی بزرگ دیگر او مسئله آذربایجان است. او به شدت مخالف جدایی آذربایجان است؛ با فدرالیسم نیز مخالف است و راه حلی که برای اختلاف نواحی با مرکز پیش می‌گذارد زنده کردن ایده "انجمن‌های ایالتی و ولایتی" است که یادآور می‌شود «گنجانیدن آن در قانون اساسی از روی پیشنهاد آزادی‌خواهان تبریز بوده. این نمونه رشد و فهم آزادی‌خواهان آن‌روزی آذربایجان است که برای استوار ماندان رابطه استان‌ها و شهرستان‌ها با پایتخت، بودن انجمن‌هایی را در شهرها از سوی اهالی برای نظارت در مصرف مالیاتی که می‌پرداختند و دیده‌بانی به کارهای مأمورین دولت و حفظ مصالح استان و شهرستان، لازم دانسته‌اند.» (سرنوشت ایران چه خواهد بود، ص ۳۴)
با توجه به نگرانی دوگانۀ کسروی در مورد فرصت‌طلبی متشرعان و خطر تجزیه آذربایجان، و با نظر به برداشتی که او از تاریخ شیعه‌ و تاریخ ایران از صفویه به این سو داشته، واقع‌بینانه است که او را رو در رو با این پرسش مهم بدانیم: شیعه‌گری سلطه‌یافته بر ایران در اصل دین ترکان جنگنده با عثمانیان بوده است. اینک اگر این کیش پس زده شود یا خود از رونق افتد، آیا پیوند میان ترک و فارس سست نمی‌شود و این باعث نمی‌شود که ستون اصلی حامل بنای کشور فرو پاشد؟ چیست حلقۀ پیوند ترک و فارس؟
این پرسش در ذهن کسروی پرسش از پی هویت سکولار ایران است؛ و پرسش از پی هویت سکولار با پرسش از هویت اصیل ملی در ذهن کسروی یکی است. "خود" ایرانی از نظر کسروی، ساده، در همان حال باشکوه است، اخلاقی است و عقلانی. این "خود" به زبانی سخن گفته که سرچشمه‌ای باستانی دارد. بایسته برای خودآگاهی پیراستن زبان است، بدانسان که پیوند با آن سرچشمۀ باستانی هویدا گردد. به باور او زبانِ فاخرِ اخلاقیِ عقلانی در غوغای بددینی، یاوه‌گویی‌های صوفی‌گرانه و آوازه‌گری‌های عوام‌فریبانه و همچنین با تاخت و تیز بیگانگان به سرزمین ایران و تجاوزها و تحمیل‌هایی که به زبان اصیل آن کرده‌اند، الکن شده و اکنون همتی باید کرد تا آن زبان زندگی دوباره‌ای یابد. کسروی برای این کار ، هم به زبان‌شناسی رو می‌آورد و می‌کوشد خود را به سرچشمه زبان فارسی برساند، و هم به نقد فرهنگی می‌پردازد تا مردم دیگر به آن غوغاها و یاوه‌ها گوش نسپارند. او ستایش از پادشاهان گذشته را نیز در ردیف یاوه‌گویی می‌گذارد و نمی‌پسندد که پارسی‌نامه، شاه‌نامه باشد و از این رو دربارۀ فردوسی چنین داوری می‌کند: « فردوسی خود مرد نیکی بوده، ولی سخنان او که بیش از همه ستایش پادشاهان خودکام و دربارهای ایشان است، در این روزگار سراپا زیان است و بایستی از میان برخیزد. از کتاب فردوسی تنها در زمینه زبان می‌شود، سودجویی کرد.» (فرهنگ چیست، صص ۲۳-۲۲)
برنامۀ کسروی برای خودآگاهی ملی پالوده کردن فرهنگ است. این برنامه با درگیر شدن با مسئلۀ فعال گشتنِ ملایان پس از سقوط رضاشاه و خطر تجزیۀ آذربایجان بر روی دو موضوع متمرکز می‌شود: نقد شیعی‌گری و اثبات اینکه حلقه پیوند اصلی آذربایجان با قلب ایران − که نه مردمی خاص، بلکه "خود"ی است که زبان فارسی از آن برمی‌آید − شیعه‌گری نیست، بلکه همزبانی تاریخی است. به این خاطر او سخت کوشش می‌کند اثبات کند که رواج ترکی در خطۀ آذربایجان عارضه‌ای تاریخی بوده و آذری، زبان اصیل آذربایجانیان، از زبان مادها نشأت گرفته، که به باور او تیره‌ای بوده‌اند از مردمان بنیانگذار ایران، در کنار دو تیره دیگر: فارس‌ها و پارت‌ها. (آذری، ص. ۷).
کسروی با طرح خواست خودمختاری آذربایجان به خاطر ترک‌زبان بودن ساکنان آن دیار مخالفت می‌کند و دربارۀ زبان می‌گوید «این موضوع کوچکتر از آن است که وانموده می‌شود. همه می‌دانند که ترکی به آذربایجان از بیرون آمده است و هیچگاه آذربایجانی‌ها آن را زبان نوشتن و خواندن نشناخته بودند. پیش از آنکه به ایران مشروطه بیاید و گفت‌وگویی از میهن‌پرستی و این قبیل احساسات در میان باشد، آذربایجانی‌ها به فارسی که زبان کشورشان بود، علاقه‌مند بودند و نامه‌هاشان را جز به فارسی نمی‌نوشتند، کتابهاشان جز به فارسی نبود؛ در مکتب‌ها جز کتاب‌های فارسی درس خوانده نمی‌شد.» (سرنوشت ایران، ص. ۳۴)