همزمان با سالمرگ احمد خمینی فرزند آیت الله روح الله خمینی بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران، سایت جرس بخش هایی از اعترافات سعید امامی معاون امنیتی سابق وزارت اطلاعات را منتشر کرده که در آن به حذف فیزیکی احمد خمینی توسط این وزارتخانه اذعان کرده است.

سعید امامی پس از کشته شدن شماری از سیاستمداران و نویسندگان منتقد به همراه شماری دیگر از مسئولان وزارت اطلاعات دستگیر شد. در این پرونده که به "قتل های زنجیره ای" نام گرفت، وزارت اطلاعات به نقش شماری از اعضای خود که "خودسر" نامید، در این قتل ها اعتراف کرد.

سعید امامی اما از زندان جان سالم به در نبرد. به گفته مسئولان دادسرای نظامی، سعید امامی که متهم ردیف اول پرونده بود، با خوردن داروی نظافت در حمام جان خود را از دست داد.

اکنون سایت "جرس" بخش هایی از اعتراف های سعید امامی را منتشر کرده است
که در آن می گوید علی فلاحیان وزیر وقت اطلاعات حکم حذف فیزیکی احمد خمینی را به او داده است.

پس از درگذشت احمد خمینی زمزمه هایی از کشته شدن او مطرح شد اما هیچ کدام به طور رسمی اثبات نشد.

در خصوص درگذشت احمد خمینی، سعید امامی در اعترافات خود گفته است: "فلاحیان با وجود آنکه خود حاکم شرع بود، اما معمولا و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصا صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گاها نیز از حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و بدست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم. مثلا” وقتی باخبر شدیم که حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت می‌کند.

آنرا ارجاع دادیم و بلافاصله دستور آمد که همه رفت و آمدهای ایشان را زیر نظر بگیرید و از مکالمات و ملاقاتهای ایشان نوار تهیه کنید. ما هم بمدت یکسال همین کار را کردیم. متأسفانه حاج احمد آقا به راه یک طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیت‌الله مصباح رفتیم، آقایان محسنی اژه‌ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعدا”حاج آقا خوشوقت هم از بیت آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می‌کنند، رحم کرد."

نقل است احمد خمینی در سالهای آخر زندگی خود نسبت به مسئولان نظام انتقادهایی مطرح می کرد. بنا بر برخی شنیده ها او که در حذف آیت الله حسینعلی منتظری از قائم مقامی رهبری نقش عمده ای ایفا کرده بود، در اواخر از این اقدام خود پشیمان شده بود و پیام هایی در این خصوص به آیت الله منتظری فرستاده بود.

اما در خصوص نحوه صدور احکام تصفیه فیزیکی افراد، سعید امامی چنین اعتراف کرده است: "من از آغاز انقلاب تا به امروز سرباز گوش به فرمان نظام مقدس اسلامی و مقام ولایت بوده و هستم، هیچگاه بدون کسب اجازه و یا بدون دستورات مقامات عالی نظام کاری انجام نداده‌ام. هرچه را که به صلاح نظام و اسلام دانسته‌ام به عنوان پیشنهاد به مسئولانم ارائه کرده‌ام. من خود را گناهکار نمی‌دانم. کسانی که حذف شده‌اند، مرتد، ناصبی و محارب بوده‌اند. حکم مجازات آنها مثل همیشه به ما تکلیف شده است و ما آنچه کرده‌ایم اجرای تکالیف شرعی بوده است نه قتل و جنایت …
حکم اعدام داریوش فروهر و پروانه اسکندری را به روال معمول همیشگی حجت‌الاسلام علی فلاحیان به من داد.

احکام اعدام سایر محاربین قبلا در زمان وزارت فلاحیان صادر شده بود. از مدتها پیش قرار بر این بود که عوامل مؤثر فرهنگی وابسته که توطئه‌ تهاجم فرهنگی را در ایران پیاده می‌کردند و جمعا صد نفر بودند اعدام شوند. حکم حذف 29 نفر از نویسندگان از مدتها پیش مشخص و احکام قبلا صادر شده بود که در مورد 7 تن از آن عناصر احکام در دوره وزارت علی فلاحیان اجرا شده بود."

داریوش فروهر وزیر مسکن در دولت مهدی بازرگان رئیس دولت موقت پس از انقلاب به همراه همسرش پروانه اسکندری در خانه خود به ضربات چاقو کشته شدند. این اولین قتل در زمان ریاست جمهوری محمد خاتمی بود که جنجال آفرین شد و خاتمی خود پی گیری پرونده را در دست گرفت. پس از آن کشته شدن محمد مختاری و محمد جعفر پوینده دو نویسنده روی داد و با ادامه تحقیق ها نقش وزارت اطلاعات در این قتل ها مشخص شد.

پی گیری پرونده قتل های زنجیره ای هیچ گاه به نتیجه نرسید. به جز سعید امامی که جان خود را از دست داد، دیگر دستگیر شدگان وزارت اطلاعات آزاد شدند. این دستگیر شدگان مورد شکنجه قرار گرفته بودند که فیلم بازجویی ها و شکنجه آن ها به بیرون درز کرد. محمد خاتمی یک بار در زمان ریاست جمهوری خود گفته بود: "هر گاه بخوایم پی گیری پرونده قتل های زنجیره ای را به جایی برسانیم بحرانی در کشور روی می دهد.