آیت الله علی خامنه‌ای، رهبر ایران روز پنجشنبه ۱۸ خرداد ماه گفت سند آموزشی ۲۰۳۰ یونسکو اشتباه است و قابل اجرا در ایران نیست. او پس از تقریبا یک ماه از شروع مخالفت‌ها و موافقت‌ها با اجرای این سند با کنایه به عملکرد دولت گفت: «بعضی‌ها می‌گویند که سند را تغییر داده‌ایم و یا گفته‌ایم فلان چیزش را قبول نداریم. نه بحث سر اینها نیست. فرض کنید در این سند هیچ چیز واضحی هم که مخالف با اسلام باشد، وجود نداشته باشد که البته وجود دارد. آنهایی که حالا خیال می‌کنند ما گزارش‌های درستی نگرفتیم، نه گزارش‌های ما، گزارش‌های درست است.» رهبر ایران در چند جمله بعدی نتیجه گرفت از آنجا که این سند «ارتباط با مساله استقلال کشور» دارد، قابل اجرا نیست.
رهبر ایران اجرای سند آموزشی ۲۰۳۰ را به استقلال کشور ربط داد و گفت: «حرفم این است که نظام آموزشی کشور نباید بیرون کشور نوشته شود. حرف من این است. شما می گوید این خلاف اسلام ندارد، داشته باشد یا نداشته باشد، اینجا ایران است، اینجا جمهوری اسلامی است، اینجا یک ملت بزرگ است، چرا نظام آموزش ما را باید چند نفر در یونسکو و سازمان ملل بنشینید و بنویسند. این مربوط به مساله استقلال کشور است.»
او با کنایه به بخشی از حرف‌های حسن روحانی در دفاع از سند ۲۰۳۰ و اینکه گزارش‌های غلط به رهبر در مورد این سند داده شده است گفت: «آنهایی که حالا خیال می‌کنند ما گزارش‌های درستی نگرفتیم ، نه گزارش‌های ما، گزارش‌های درست است.» حسن روحانی روز اول خرداد ماه سه روز پس از انتخابش برای دور دوم ریاست جمهوری با انتقاد از کسانی که درباره سند۲۰۳۰ «دروغ» گفته‌اند، گفت آنها گزارش های دروغ به رهبر، مردم و طالب درباره این سند داده‌اند و خواسته‌اند در روزهای انتخابات از آن سوءاستفاده کنند. موج اعتراضات نسبت به این سند پس از آنکه روحانی انتقادات نسبت به آن را دروغ خواند و موضوعی برای سوءاستفاده، در روزهای انتخابات نامید، بیشتر شد.
با این حال علی خامنه‌ای در صحبت‌هایش هیچ توضیح مشخصی نداد که کدام بخش‌های این سند خلاف اسلام و قوانین ایران است.
سند ۲۰۳۰ یونسکو برای هیچ کشوری از جمله ایران اجباری و لازم الاجرا نبوده و نیست بلکه طرح آموزشی پیشنهادی برای ۱۹۶ کشور عضو سازمان ملل است تا سال ۲۰۳۰ در جهت پیشبرد نظام آموزشی خود و براساس استاندارهای جهانی تلاش کنند. مسوولان دولت بارها توضیح داده‌اند که اجرای این سند اجباری نیست و اساسا این سند به شکل قرار داد نیست و آنها چیزی را امضا نکرده‌اند.
در اجماع حمله مجدد به سند ۲۰۳۰ در روز ۱۸ خرداد ماه، آیت الله جعفر سبحانی همین روز خواستار باطل شدن این سند شد. او به جمعی از مخالفان امضای سند ۲۰۳۰ که به دیدار او رفته بودند، گفت: «توقف سند ۲۰۳۰ یونسکو فایده ای ندارد باید این سند را ابطال کنیم و به یونسکو بازگردانیم.»
این آیت الله و مدرس حوزه علمیه قم با اعتقاد به اینکه اگر این سند اجرا شود کشورهای غربی وارد حوزه سیاست و اقتصاد هم می شوند، گفت: «غرب هر زمان بخواهد شرق را استعمار کند ابتدا از طریق استعمار فرهنگی وارد می شود از طریق این استعمار به استعمار سیاسی و اقتصادی می رسد.»
با این حال مهدی فیض، معاون فرهنگی و پرورشی وزارت آموزش و پرورش روز ۱۸ خرداد ماه در گفتگو با خبرگزاری مهر گفت اگر چه «فرمایشات رهبری در زمینه توقف این سند فصل الخطاب است» اما این سند هیچ وقت «تعهدآور» نبود و «یک بیانیه آرمانی است.» او همچنین برای چندمین بار توضیح داد که این سند هنوز اجرا نشده است. و ایران هم مانند کشورهای دیگر عضو سازمان ملل در تنظیم آن سهم داشته است.
مهدی فیض همچینن در انتقاد از نقدهای منفی و غیرکارشناسی که در اوج مناظرات ریاست جمهوری در اردبیهشت ماه بر سر این سند اتفاق افتاد، گفت این موضوع «کف خیابانی» شده و هر کسی بدون آگاهی کافی نسبت به آن مخالف می کند: «وقتی ما موضوع را کف خیابانی می کنیم، بی دقتی های زیادی در آن اتفاق می افتد. بعضی ها که در کف خیابان در مورد سند ۲۰۳۰ اظهار نظر می کنند، اطلاعات کارشناسی ندارند.»
آیت الله علی خامنه‌ای، پیش از این یکشنبه ۲۱ اردیبهشت ماه گفته بود «این سند ۲۰۳۰ یونسکو چیزی نیست که جمهوری اسلامی تسلیم آن شود. اصل کار غلط است؛ اینکه برویم سندی امضا کنیم و بعد بی‌سروصدا آن را اجرا کنیم؛ مطلقاً مجاز نیست.»
سعید پیوندی، جامعه شناس و عضو کمیسیون صلح و آموزش یونسکو در مصاحبه‌ای با کمپین در تاریخ ۲۵ اردبیهشت ماه دلایل مخالفت آیت الله خامنه‌ای را سه محور «برابری زنان و مردان در برخورداری از آموزش، توجه به حقوق بشر و نگاه این سند به صلح» عنوان کرده بود. آقای پیوندی گفته بود «چیزی که باعث اختلاف است این است که چه انسانی می‌خواهیم تربیت کنیم و چه جامعه‌ای. سند یونسکو به طور کامل در مقابل درکی است که آیت الله خامنه‌ای دارد.»