روز شنبه ۲۹ خرداد، چند ساعت پس از اعلام پیروزیِ ابراهیم رئیسی در انتخابات ریاست جمهوری، خانم اَنیِس کَلَمَر، دبیر کل سازمان عفو بینالملل، خواهان تعقیب قضایی او به اتهام جنایت علیه بشریت شد و از آغاز تحقیقات کیفری دربارۀ او خبر داد. به گفتۀ دبیر کل آن سازمان، ابراهیم رئیسی علاوه بر مسئولیتی که در اعدامهای دسته جمعی زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷ داشته، جنایتهای دیگری نیز مرتکب شده است. بنابراین، برطبق حقوق بینالملل دربارۀ او باید تحقیقات کیفری انجام گیرد.
در سال ۱۳۶۸ دولت ترکیه منوچهر مُتّکی، سفیر جمهوری اسلامی ایران، را به سازماندهی عملیات تروریستی و برنامه ریزی برای قتل مخالفان ایرانی در آن کشور متهم کرد و از او خواست که در عرض ۲۴ ساعت خاک ترکیه را ترک کند.
در تیرماه ۱۳۷۳ در انفجار ساختمان ۷ طبقۀ انجمن همکاریهای آرژانتین و اسرائیل به نام «آمیا» ۸۵ شهروند یهودی تبار آرژانتینی جان باختند. در آن زمان هادی سلیمانپور، سفیر جمهوری اسلامی در آرژانتین بود. ۹ سال بعد به درخواست قاضی آرژانتینی که رسیدگی به پروندۀ انفجار را به عهده داشت، سلیمانپور در بریتانیا بازداشت شد. اما چون نام او هنوز در فهرست انترپل، پلیس بینالملل، نبود دولت بریتانیا نتوانست او را به آرژانتین بازگرداند.
سیزده سال پس از انفجار آمیا، سرانجام در فروردین ۱۳۸۶ دادستانی کل آرژانتین حکم جلب نه نفر از جمله هاشمی رفسنجانی و علی اکبر ولایتی را صادر کرد. دولت آرژانتین رسماً اعلام کرد که نقشۀ انفجار در ایران طراحی شده بود و حزبالله لبنان آن را به اجرا گذاشه است.
علی فلاحیان، وزیر اطلاعات
محسن رضایی، فرمانده کل سپاه
احمدرضا اصغری، دبیرسوم سفارت ایران در آرژانتین
احمد وحیدی، فرمانده نیروی ویژۀ قدس
محسن ربّانی، رایزن فرهنگی سفارت ایران در آرژانتین
عماد مُغنیه، فرمانده عملیات ویژۀ حزبلله لبنان
مُغنیه سپس در عملیاتی به دست اسرائیل کشته شد. اما آن ۵ نفر ایرانی تاکنون از ترس انترپُل نتوانستهاند از کشور خارج شوند.
در ماجرای ترورهای میکونوس در شهریور ۱۳۷۱ که در طی آن چند تن از رهبران کُرد ایرانی در رستورانی در برلن کشته شدند، رهبران بلندپایۀ جمهوری اسلامی دست داشتند. دادگاهی که برای رسیدگی به پروندۀ آن ترورها تشکیل شده بود، در فروردین ۱۳۷۶ حکم خود را صادر کرد. بنا به رأی آن دادگاه ترورهای میکونوس با اطلاع علی خامنهای، هاشمی رفسنجانی و ولایتی انجام گرفته بود.
سفیران اروپایی در پی آن حکم تهران را ترک کردند و تا اوایل ریاست جمهوری محمد خاتمی بازنگشتند. علی خامنهای که متهم به قتل شده بود تا بازگشت همۀ سفیران اروپایی به ایران اجازۀ بازگشتِ سفیر آلمان را به تهران نداد.
با احکامی که دادگاههای دو کشور آرژانتین و آلمان پس از بررسیِ پروندههای انفجار آمیا در پایتخت آرژانتین و ترورهای میکونوس در برلن صادر کردند راه برای تعقیب قضایی رهبران جمهوری اسلامی در عرصۀ بینالمللی گشوده شد.
دادگاههای بینالمللی رهبران جمهوری اسلامی را تنها به اتهام همدستی با عاملان ترورهای خارج از کشور تحت تعقیب قضایی قرار ندادهاند. بعضی از عالیترین مقامهای ایران مانند ابراهیم رئیسی به اتهام کشتار شهروندان ایرانی در داخل کشور تحت تعقیب قرار دارند.