روحانی پس از رسیدن به ریاست‌جمهوری و به‌ویژه پس از مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی، اغلب در جلسه‌های این مجمع شرکت نمی‌کرد
با انتشار حکم علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، برای انتصاب اعضای دوره جدید مجمع تشخیص مصلحت نظام، علی‌اکبر ناطق‌نوری از عضویت این مجمع برکنار شد، حذف حسن روحانی نیز پس از ۳۰ سال عضویت در این مجمع قطعی شد. اما عضویت محمود احمدی نژاد تمدید شد و صادق لاریجانی نیز با وجود محکومیت نزدیکانش از جمله اکبر طبری در پرونده فساد مالی، به‌عنوان رئیس مجمع ابقا شد.
در حکم علی خامنه‌ای برای انتصاب اعضای حقیقی و حقوقی دوره نهم مجمع تشخیص مصلحت نظام که روز سه‌شنبه ۲۹ شهریور ماه منتشر شد، نامی از حسن روحانی دیده نمی‌شود.
روحانی از سال ۱۳۷۱ و با آغاز دوره سوم مجمع تشخیص مصلحت نظام با حکم علی خامنه‌ای به‌عنوان «شخصیت حقیقی» به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام در آمده بود و عضویت او تا دوره هفتم به‌عنوان شخصیت حقیقی تمدید شد و پس از آن، تا پایان دوره ریاست‌جمهوری خود به‌عنوان شخصیت حقوقی در مقام رئیس قوه مجریه عضو مجمع تشخیص مصلحت بود.
با این حال، روحانی پس از رسیدن به ریاست‌جمهوری و به‌ویژه پس از مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی، اغلب در جلسه‌های این مجمع شرکت نمی‌کرد.
پس از پایان دوره ریاست‌جمهوری، حسن روحانی جایگاه حقوقی خود در مجمع تشخیص مصلحت نظام را از دست داد. با صدور حکم جدید اعضای مجمع تشخیص مصلحت نظام، مشخص شد که علی خامنه‌ای حاضر نشده است روحانی را به‌عنوان «شخصیت حقیقی» به مجمع تشخیص مصلحت برگرداند.
این در حالی است که تاکنون بنابر عرف معمول، خامنه‌ای برای همه روسای‌جمهوری پیشین، پس از اتمام کار دولتشان، به‌عنوان «شخصیت حقیقی» حکم عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام صادر کرده است. هاشمی رفسنجانی و محمود احمدی‌نژاد چنین احکامی را دریافت کرده بودند.
درباره محمد خاتمی نیز، محمد حسین صفار هرندی که خود عضو مجمع تشخیص مصلحت است، گفته بود که در پایان دوره ریاست‌جمهوری محمد خاتمی نیز علی خامنه‌ای به او گفته بود که او را برای عضویت در مجمع تشخیص منصوب می‌کند، اما خاتمی خود پیشنهاد عضویت را رد کرده بود.
علی اکبر ناطق نوری که سال‌ها رئیس مجلس شورای اسلامی بود و پس از آن نیز، چندین سال ریاست بازرسی ویژه دفتر علی خامنه‌ای را بر عهده داشت، دیگر چهره حذف‌شده از مجمع تشخیص مصلحت نظام است. ناطق نوری پیشتر خود از سمت بازرسی ویژه دفتر خامنه‌ای استعفا کرده بود.
علی خامنه‌ای همچنین عضویت محمدعلی موحدی کرمانی، نماینده اسبق خود در سپاه پاسداران، را نیز به‌عنوان «شخصیت حقیقی» در دوره نهم مجمع تشخیص مصلحت نظام تمدید نکرده است.
اما با وجود آشکار شدن پرونده فساد مالی عظیم اکبر طبری، معاون اجرایی دفتر صادق لاریجانی در دوره ریاست بر قوه قضائیه، علی خامنه‌ای بار دیگر عضویت او را در مجمع تشخیص مصلحت نظام و ریاست بر این مجمع تمدید کرده است.
علی لاریجانی نیز که در دوره قبلی به‌عنوان رئیس مجلس شورای اسلامی، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام بود و با پایان ریاست بر مجلس جای خود را به محمدباقر قالیباف داده بود، در خرداد ۱۳۹۹ با حکم خامنه‌ای به‌عنوان «شخصیت حقیقی» به این مجمع بازگشت.
خامنه‌ای برای دوره نهم مجمع تشخیص مصلحت نیز بار دیگر عضویت علی لاریجانی را به‌عنوان «شخصیت حقیقی» تمدید کرده است.
عباسعلی کدخدایی، محمد مخبر، علی‌اکبر احمدیان و کمال خرازی که در دوره قبل مجمع تشخیص مصلحت نظام حضور نداشتند با حکم علی خامنه‌ای به‌عنوان «شخصیت حقیقی» به عضویت دوره نهم مجمع تشخیص مصلحت نظام در آمدند.
عباسعلی کدخدایی، عضو شورای نگهبان، سخنگو و از گردانندگان اصلی این شورا است و محمد مخبر نیز پیشتر با حکم خامنه‌ای، به‌عنوان «رئیس ستاد اجرای فرمان امام» از نهادهای زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی انتخاب شده بود.
مخبر در جریان شیوع ویروس کرونا، وعده تولید میلیون‌ها دوز واکسن کرونا را داده بود که این وعده هیچ‌گاه محقق نشد. وعده محقق‌نشده مخبر در کنار ممنوعیتی که خامنه‌ای برای واردات واکسن ساخت بریتانیا و آمریکا صادر کرد، به جان باختن هزاران نفر از مردم ایران منجر شد.
با این حال، مخبر در دولت رئیسی ارتقا یافت و به‌عنوان معاون اول رئیس‌جمهوری اسلامی منصوب شد و اکنون نیز با حکم خامنه‌ای دومین ارتقاء خود را دریافت کرده است.