پس از افزایش قدرت علی شمخانی، دولت و وزارت اطلاعات تصمیم گرفتند با رو کردن پرونده‌های قبلی، نگاه علی خامنه‌ای به شمخانی را تغییر دهند
سردار علی‌اکبر احمدیان، رئیس مرکز راهبردی سپاه پاسداران، روز دوشنبه اول خرداد به عنوان دبیر جدید شورای عالی امنیت ملی ایران انتخاب شد. علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، ابتدا احمدیان را به نمایندگی خود در شورای عالی امنیت ملی منصوب و سپس ابراهیم رئیسی به دستور او، حکم احمدیان برای نشستن روی صندلی علی شمخانی را امضا کرد.
علی‌اکبر احمدیان، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام، پیش از این رئیس مرکز راهبردی سپاه پاسداران بود و ریاست ستاد مشترک سپاه و فرماندهی نیروی دریایی سپاه نیز از جمله سوابق کاری او است.
پس از توافق جمهوری اسلامی و عربستان سعودی برای بهبود روابط سیاسی، بازگشایی سفارتخانه‌ها و پایان دادن به دعوای هشت ساله، بسیاری از رسانه‌ها و چهره‌های سیاسی در ایران نقش مهم دریادار علی شمخانی در این پرونده را برجسته و اشاره کردند که او در شرایطی از سوی علی خامنه‌ای به صورت مستقیم مامور مذاکره و توافق با طرف سعودی شد که حسین امیرعبداللهیان، وزیر امور خارجه دولت رئیسی، آشکارا از این پرونده کنار گذاشته شده بود.
حالا روزهای روشن علی شمخانی در نظام جمهوری اسلامی به دلیل درگیر شدن در یک «پرونده امنیتی»، به پایان رسیده است و او که این قدرت را داشت تا فروش روزانه بخش عمده‌ای از نفت ایران را به فرزندش واگذار کند و برای بازیابی وجهه سیاسی ازدست‌رفته نظام از عراق تا امارات و چین و عمان را به‌تنهایی و شخصا طی می‌کرد، اکنون جایگاه رفیعش را از دست داده است.
شمخانی روز یکشنبه در حساب شخصی خود در توییتر، این بیت از محتشم کاشانی را توییت کرد: «حرفی که در حجاب ز گفت‌وشنود بود/ آخر به رمز گفت و به ایما شنود و رفت» که طبیعتا می‌تواند به معنای دلخوری او از برکناری‌اش تعبیر شود.
دلیل برکناری ناگهانی شمخانی از سمت دبیر شورای عالی امنیت ملی چیست؟
دی‌ماه ۱۴۰۱ که علیرضا اکبری، مقام پیشین امنیتی ایران، به اتهام «جاسوسی برای بریتانیا» در ایران اعدام شد، برخی از چهره‌های سیاسی در ایران پیش‌بینی کردند که عمر سیاسی شمخانی، رئیس پیشین علیرضا اکبری، هم پایان یافته، ولی کمتر از دو ماه بعد و زمانی که شمخانی مسئول یکی از پیچیده‌ترین پرونده‌های دیپلماتیک تاریخ جمهوری اسلامی، یعنی احیای روابط دیپلماتیک با عربستان سعودی شد، به نظر رسید پرونده امنیتی او «رفع‌ورجوع» شده است.
در این میان، گزارش نیویورک‌تایمز در روز دهم اردیبهشت درباره اینکه «علیرضا اکبری جاسوس بریتانیا بود و در ازای دریافت دو میلیون پوند، اطلاعات مربوط سایت هسته‌ای فردو را به دستگاه امنیتی بریتانیا لو داد»، ادامه کار علی شمخانی را دشوارتر از گذشته کرد.
علیرضا اکبری از فرماندهان سابق سپاه پاسداران و سیاست‌مدار ایرانی با تابعیت دوگانه بریتانیایی بود. او در دولت اصلاحات، معاون علی شمخانی، وزیر دفاع و مدتی هم مشاور شمخانی در زمان دبیری شورای عالی امنیت ملی بود.
نیویورک‌تایمز در گزارشی به بررسی هویت «جاسوس بریتانیا» پرداخت و ادعا کرد که علیرضا اکبری، معاون پیشین وزیر دفاع که ۱۱ ژانویه به جرم جاسوسی اعدام شد، همان کسی است که دست‌کم ۱۵ سال پیش اطلاعات مربوط به سایت فردو را در اختیار بریتانیا قرار داد. گفته می‌شود او به‌عنوان مشاور شورای عالی امنیت ملی جمهوری اسلامی و با دسترسی به اطلاعاتی ارزشمند، برای یک دهه اداره اطلاعات بریتانیا (ام‌آی۶) را در جریان برنامه‌های هسته‌ای و نظامی ایران گذاشته بود.
پیش از این گزارش نیز علیرضا اکبری طی اعتراف‌هایی که به گفته خود، تحت فشارهای جسمی و روانی از او گرفته شد، نام علی شمخانی را در رابطه با این پرونده مطرح کرد. بر اساس فایل صوتی که پیش از اعدام علیرضا اکبری منتشر شد، او گفت: «(بازجوها) می‌گویند آقای شمخانی در مقابل دریافت یک شیشه عطر و یک پیراهن به عنوان هدیه، اطلاعات سری مملکت را به من داده است و من به بیگانه دادم؛ زیر نظر وزارت اطلاعات.»
البته که عده‌ای نیز در این میان گفتند باز شدن پرونده اکبری پس از سه سال سکوت، توطئه‌ای امنیتی برای پایین کشیدن شمخانی بوده است.
نیویورک‌تایمز در ادامه به نقل از مقام‌های اطلاعاتی، نوشت که علیرضا اکبری افشای اسرار هسته‌ای ایران به مقام‌های اطلاعاتی بریتانیا را از سال ۲۰۰۴ آغاز کرد؛ زمانی که با افزایش تردید‌های اسرائیل و غرب مبنی بر تلاش مخفیانه ایران برای دستیابی به سلاح هسته‌ای، مامور شد با سفارتخانه‌های کلیدی در تهران از جمله بریتانیا، چین، فرانسه، آلمان و روسیه ارتباط برقرار و آن‌ها را متقاعد کند که برنامه هسته‌ای ایران صلح‌آمیز است.
این رسانه آمریکایی به نقل از برادر و دو دوست خانوادگی علیرضا اکبری، نوشت که او سال ۲۰۰۸ از سمت‌های رسمی خود بازنشسته شد، اما فعالیت به‌عنوان مشاور شمخانی و سایر مقام‌ها را ادامه داد. او اندکی بعد و در همان سال به اتهام جاسوسی برای بریتانیا دستگیر شد و چهار ماه در زندان بود، اما از آنجا که بازجویی‌ها به جایی نرسید و حمایت قوی علی شمخانی را پشت سر داشت، با قرار وثیقه آزاد شد.
یک دیپلمات ارشد ایرانی به نیوریورک‌تایمز گفته بود که علیرضا اکبری در جلسات رسمی حکومتی در ایران تاکید می‌کرد که دستیابی به سلاح هسته‌ای باید در دستور کار ایران باشد.
به نوشته نیویورک‌تایمز، علیرضا اکبری با محسن فخری‌زاده، دانشمند ارشد برنامه هسته‌ای ایران، هم روابط نزدیکی برقرار کرده بود. محسن فخری‌زاده آذر ۱۳۹۹ در عملیاتی منتسب به اسرائیل و زمانی که علیرضا اکبری در بازداشت بود، در حومه تهران ترور شد.
نگاهی به قدرت گرفتن بیش از حد علی شمخانی در جریان مذاکرات با کشورهای منطقه و سفرهای پیاپی او که به نظر می‌رسید به کنار گذاشته شدن حسین امیرعبداللهیان از جایگاهش در وزارت امور خارجه منجر شد، در کنار حملات مداوم چند ماه اخیر چهره‌های وابسته به حکومت ایران علیه شمخانی، این شک را در اذهان ایجاد می‌کند که ارسال اطلاعاتی از ایران به روزنامه نیویورک‌تامیز برای پایین کشیدن شمخانی از سمتش نیز محتمل است.
علی شمخانی که قبل از دبیری شورای عالی امنیت ملی ایران، سمت‌های مهمی همچون جانشین فرمانده سپاه پاسداران، فرمانده نیروی زمینی سپاه، وزیر سپاه، فرمانده نیروی دریایی ارتش و سپاه و وزیر دفاع را در کارنامه داشت، به یکی از مطمئن‌ترین چهره‌ها نزد علی خامنه‌ای تبدیل شده بود و تنها رو شدن پرونده‌ای که شمخانی را به درز اطلاعات و همکاری با جاسوس‌ها متهم می‌کرد، می‌توانست او را زمین بزند.
از جمله حملات چهره‌های حکومتی به شمخانی می‌توان به نوشته تلگرامی حمید رسایی، روحانی نزدیک به نهادهای امنیتی اشاره کرد که به فساد مالی نزدیکان شمخانی پرداخت: «اینکه فرزندان آقای شمخانی فعالیت‌های اقتصادی گسترده‌ای در حمل‌ونقل دریایی دارند، شاید به ما ربط نداشته باشد اما اینکه پدر با عنوان پیگیری مسائل کشور به امارات سفر کند و با امیر و ولیعهد آن دیدار داشته باشد و فرزند در جلسه رسمی حاضر باشد، به ما ربط دارد. برای همین حق داریم از آقای شمخانی بپرسیم که دلیل حضور فرزند تاجر شما در یک جلسه رسمی چیست؟ آیا این فرصت و رانت برای بقیه تجار هم فراهم است؟ شنیده‌ایم در یکی از دیدارهای این سفر به دلیل محدودیت همراهان طبق پروتکل تشریفات، معاون وزیر اقتصاد شرکت داده نشده است!»
نکته مهم ماجرا این است که در سال‌های پیش، هیچ‌یک از چهره‌های سیاسی وابسته به نظام چنین اتهام‌های واضحی را علیه شمخانی مطرح نکرده بودند و بنابراین حالا می‌توان نتیجه گرفت که تیم نزدیک به ابراهیم رئیسی و دولتی‌ها که در راس آن وزارت اطلاعات قرار دارد، پس از افزایش قدرت علی شمخانی، احساس خطر کرده‌اند و با رو کردن ناگهانی گاف‌های پیشین شمخانی، او را از چشم علی خامنه‌ای انداخته‌اند.