سایت ملیون ایران

سرشت علم(۶۱): پروتئین ها

دکتر ریموند رخشانی

مقاله و فایل صوتی شصت و یکم

با سلام، من ریموند رخشانی هستم و حوزه کارشناسی من مهندسی‌ سیستم‌ هاست، و تخصص علمی من در بکارگیری اندیشه سیستمی‌ برای انتقال فن آوری مدرن و اجرا و پیاده سازی تولید فراورده‌ های نوین می‌‌ باشد.
در این سلسله از مقالات و فایل‌ های صوتی، کوشش می کنم که علم مدرن را (به زبان فارسی) از پایه به دوستانی که علاقمند هستند، در حد توان، ارائه کنم. از اساتید، پژوهشگران و اندیشمندان عزیز، خواهشمندم که لینک‌ ها را به دوستان و بویژه به جوانان دانش پژوه ما (که اغلب دسترسی نظام مند برای آشنایی با علم مدرن – به زبان فارسی – ندارند) ارسال فرمایند.

لینک همه مقالات و فایل‌های صوتی پیشین در پایان مقاله گذاشته شده است.

دوستانی هم که در شبکه‌ های اجتماعی حضور دارند، می توانند این مجموعه فایل‌ های صوتی و مقالات “سرشت علم” را از ابتدا از طریق لینک تلگرام زیر با دوستان دیگر شریک شوند. با احترام، ر. رخشانی

(“https://t.me/natureofscience”)

https://melliun.org/v/wp-content/uploads/2019/08/serechte-elm-61.m4a?_=1

پروتئین­ ها[۱]

پیش ­تر[۲] گُفته شد[۳] که بَخش‌ هایِ سازنده­ یِ زندگی[۴]‌ چهار شاخصه دارند[۵] که الف) کربُن ­پایه­ اند[۶] و ب) از چند عنصرِ ساده ­تر[۷] ساخته­ شده ­اند[۸] و ج) طرحِ آنها واحدی[۹] و برهم­ سازنده یا درهم ­سازنده [۱۰] است و بالاخره اینکه د) شکلِ آنها[۱۱] نوعِ کارکردشان[۱۲] را تعیین می ‌‌کند[۱۳].

پروتئین­ ها موتور‌هایِ شیمیاییِ‌ پُرکارِ[۱۴] زندگی‌ محسوب می ‌‌شوند[۱۵]. آنها بیش از هر بیوملکولِ دیگری نمایشگرِ آن ­اند[۱۶] که چگونه از چند واحدِ ساده می‌‌ توان ملکول‌ هایِ[۱۷] پیچیده ­ی شگفت ­انگیزی[۱۸] تشکیل داد[۱۹]. همه­ ی پروتئین­ ها پولیمر‌هایی‌ برساخته از ملکول‌ های کوچکی بنام اسید‌هایِ آمینه[۲۰] هستند . [۲۱]اسید‌های آمینه اتمِ کربنیِ مرکزی ­ای[۲۲] با چهار پیوند اتمی‌ دارند[۲۳].

هزاران نوعِ مختلفِ اسید‌های آمینه­ ی گوناگون وجود دارند[۳۳].

اسید‌های آمینه در جانداران[۳۹] هنگامیکه با هم پیوند می خورند (پولیمریزه می­ شوند[۴۰]،) و می ‌‌توانند شکل ‌ها و عملکرد‌های جالبی‌ داشته باشند[۴۱].

نامگذاریِ[۵۱] اسید‌هایِ آمینه[۵۲] در بسیاری موارد بسیار گیج­ کننده است[۵۳].

عملکردِ پروتئین‌ ها با ساختار آنها رابطه ­ای مستقیم دارد[۶۱] اگرچه کشف و شناختِ آن ساختارِ سه ­بعدی[۶۲] بسیار مشکل است[۶۳].

تعریفِ ساختارِ کاملِ یک ملکول پروتئین گاهی‌ تیمی از پژوهشگران را سال‌ ها درگیر می‌‌ کند[۷۸].

اهمیتِ شناخت و تعریفِ ساختارِ پروتئین در رابطه­ ی مستقیمِ شکلِ درهم گره­ خورده ­ی آن با عملکردِ سلولی[۸۲] آن است.[۸۳]

داشتن میزانِ کافیِ‌ پروتئین در رژیم غذایی مهم است[۹۳].

نگاهی‌ به اطلاعاتِ رویِ بسته ­بندی ‌های غذایی  در کشور آمریکا  آموزنده است[۱۰۰].

———————————-

[۱]

چاپ و انتشار این مقالات و فایل‌ های صوتی بدون ذکر نام نویسنده (ر. رخشانی)  و مرجع، و هرگونه استفاده برای مقاصد خصوصی و اهداف انتفاعی بدون گرفتن مجوز از نویسنده اکیدا غیر قانونی است. 

[۲]

همانگونه که در دیباچه ی کتاب زیر آمده، در میان بخش ‌های به هم مرتبط این کتاب، یاداشت ‌ها و نوشته‌ هایی‌ با عنوان ­های “نمونه‌ های کاربردی” قرارگرفته ­اند که در بیشتر موارد به جنبه ‌های اجرایی و به سرمشق‌ های پیاده­ سازی و به نمونه‌ های کاربردی موضوع‌ های علمی‌ می ‌‌پردازند.

[۳]

Rakhshani, Raymond. Origins of Modernity. Even Development in the Evolution of Science and Technology. South Carolina: CreateSpace, A Division of Amazon Publishing, 2011.

[۴]

life’s building blocks

[۵]

Starr, Cecie, and Taggart, Ralph, and Evert, Christine. Biology: The Unity and Diversity of Life. Cengage Learning, 2015.

[۶]

Gurnett, Donald, A. and Bhattacharjee, Amitarva. Introduction to Plasma Physics: With Space, Laboratory and Astrophysical Applications.Cambridge University Press, 2017.

[۷]

Davies, Nicola. Many: The Diversity of Life on Earth. Candlewick, 2017.

[۸]

Barresi, Michael, J. F. and Gilbert, Scott, F. Developmental Biology. Oxford University Press, 2019.

[۹]

Capra, Fritjof, and Luisi, Pier Luigi. The Systems View of Life: A Unifying Vision. Cambridge University Press, 2016.

[۱۰]

modular

[۱۱]

Crichton, Robert, R. Biological Inorganic Chemistry: A New Introduction to Molecular Structure and Function. Academic Press, 2018.

[۱۲]

Alon, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman and Hall, 2019.

[۱۳]

Wilson, E.O. The Diversity of Life. New York: Norton, 1992.

[۱۴]

chemical workhorses

[۱۵]

Cull, Jane. Living Systems: An Introductory Guide to the Theories of Humberto Maturana and Francisco Varela. Createspace Independent Publishing Company, 2013.

[۱۶]

Jacques, Elliott. The Life and Behavior of Living Organisms: A General Theory. Praeger, 2001.

[۱۷]

Kuriyan, John, and Konforti, Boyana, and Wemmer, David. The Molecules of Life: Physical and Chemical Principles. Garland Science, 2012.

[۱۸]

Flatt, Thamas, and Heyland, Andreas. Mechanisms of Life History Evolution: The Genetics and Physiology of Life History Traits and Trade-Offs. Oxford University Press, 2011.

[۱۹]

Cull, Jane, and Maturana, Humberto, and Davila, Ximena. The Circularity of Life: An Essential Shift for Sustainability. CreateSpace Independent Publishing Company, 2013.

[۲۰]

amino acids

[۲۱]

Wolfe, Dr. Robert. A Guide to Amino Acids and Protein Nutrition: Essential Amino Acid Solution for Everyone. Independently Published, 2017.

[۲۲]

central carbon atom

[۲۳]

Bender, David, A. Amino Acid Metabolism. Wiley- Blackwell, 2012.

[۲۴]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Protection Reactions, Medicinal Chemistry, Combinatorial Synthesis (Volume 4.) Wiley – VCH, 2011.

[۲۵]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Building Blocks, Catalysis and Coupling Chemistry (Volume 3.) Wiley – VCH, 2011.

[۲۶]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Modified Amino Acids, Organocatalysis and Enzymes (Volume 2.) Wiley – VCH, 2009.

[۲۷]

adjacent or side group with chain, ring or branch type carbon-based bonds

[۲۸]

Smith, Eric, and Morowitz, Harold, J. The Origin and Nature of Life on Earth: The Emergence of the Fourth Geosphere. Cambridge University Press, 2016.

[۲۹]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Origins and Synthesis of  Amino Acids (Volume 1.) Wiley – VCH, 2009.

[۳۰]

Nowicki, Stephen. Biology: The Science of Life. The Teaching Company, The Great Courses, 2004.

[۳۱]

Blackburn, George, L. Amino Acids. Year Book Medical Publications, 1982.

[۳۲]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Analysis and Function of Amino Acids and Peptides (Volume 5.) Wiley – VCH, 2011.

[۳۳]

Guarna, Antonio, and Trabocchi, Andrea. Peptidomimetics in Organic and Medicinal Chemistry: The Art of Transforming Peptides into Drugs. Wiley, 2014.

[۳۴]

Davies, Nicola. Many: The Diversity of Life on Earth. Candlewick, 2017.

[۳۵]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Peptide Natural Products and Amino Acid Chemistry Development (Volume 6.) Wiley – VCH, 2014.

[۳۶]

Burtis, Carl, A. and Ashwood, Edward, R. and Bruns, David, E. Tietz Textbook on Medical Chemistry and Molecular Diagnostics. Saunders, 2012.

[۳۷]

Sharma, Virender, K. and Rokita, Steven, E. Oxidation and Amino Acids, Peptides and Proteins: Kinetics and Mechanism. Wiley, 2012.

[۳۸]

Walde, Peter. Prebiotic Chemistry: From Simple Amphiphiles to Protocell Models. Springer, 2010.

[۳۹]

Dawkins, Richard. Science in the Soul. Selected Writings of a Passionate Rationalist. Transworld Publishers, Penguin, 2018.

[۴۰]

Wolfe, Robert. A Guide to Amino Acid and Protein Nutrition: Essential Amino Acid Solutions for Everyone. Independently Published, 2017.

[۴۱]

Janson, Lee, W. and Tischler, Marc. Medical Biochemistry: The Big Picture. McGraw Hill Education, 2012.

[۴۲]

Houde, Damian, J. and Berkowitz, Steven, A. Biophysical Characterization of Proteins in Developing Biopharmaceuticals. Elsevier, 2014.

[۴۳]

peptide bond

[۴۴]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Analysis and Function of Amino Acids and Peptides (Volume 5.) Wiley – VCH, 2011.

[۴۵]

carboxyl group

[۴۶]

amine group

[۴۷]

Lloyd-Williams, Paul, and Albericio, Fernando, and Giralt, Ernest. Chemical Approaches to the Synthesis of Peptides and Proteins. CRC Press, 1997.

[۴۸]

Bodanszky, Miklos, and Bodanszky, Agnes. The Practice of Peptide Synthesis. Springer, 1992.

[۴۹]

condensation polymerization reaction

[۵۰]

Chan, W. C. and White, Peter, D. Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach. Oxford University Press, 2000.

[۵۱]

nomenclature

[۵۲]

Atwood, Teresa, and Campbell, Peter, and Parish, Howard, and Smith, Tony, and Sterling, John, and Vella, Frank, and Cammak, Richard. Oxford Dictionary of Biochemistry and Molecular Biology. Oxford University Press, 2006.

[۵۳]

Sewald, Norbert, and Jakubke, Hans-Dieter. Peptides: Chemistry and Biology. Wiley – VCH, 2009.

[۵۴]

polypeptide

[۵۵]

Shimonishi, Yasutsugu. Peptide Science – Present and Future: The Proceedings of the First International Peptide Symposium. Springer, 1999.

[۵۶]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Peptide Natural Products and Amino Acid Chemistry Development (Volume 6.) Wiley – VCH, 2014.

[۵۷]

Erdoes, E. G. and Back, Nathan. Hypotensive Peptides: Proceedings of the International Symposium in Italy. Springer, 2012.

[۵۸]

Simpson, O. J. The Chemistry of Carbon Compounds (Unit Studies in Science.) Hodder & Stoughton General Division, 1971.

[۵۹]

Loomis, Howard, F. Jr. Enzymes: The Key to Health. The Fundamentals. Enzyme Formulations, 2005.

[۶۰]

Atherton, E. and Sheppard, R. C. Solid Phase Peptide Synthesis: A Practical Approach. Oxford University Press, 1989.

[۶۱]

Hughes, Andrew, B. Amino Acids, Peptides and Proteins in Organic Chemistry, Analysis and Function of Amino Acids and Peptides (Volume 5.) Wiley – VCH, 2011.

[۶۲]

Inoue, Tomoyuki. Microbial Aldolases as C-C Bonding Enzymes: Investigation of Structural- Functional Characteristics and Application for Stereoselective Reactions. VDM Verlag, 2009.

[۶۳]

Direct relationship between a protein function and its structure

[۶۴]

L’Italien, James, J. Proteins: Structure and Function. Springer, 2011.

[۶۵]

Schroeder, W. A. Primary Structure of Proteins: Practices and Principles for the Determination of Amino Acid Sequence. Harper & Row, 1968.

[۶۶]

Amino acids sequence as the primary structure

[۶۷]

Bhambri, Pankaj, and Bansal, Prerna. Secondary Structure Prediction of Amino Acids Using GOR Method: On Different Input Formats. LAP Lambert Academic Publishing Company, 2013.

[۶۸]

Tramontana, Anna. Introduction to Bioinformatics. Chapman and Hall/ CRC, 2006.

[۶۹]

Secondary structures in the form of open spiral, flat sheets or loops

[۷۰]

Gurr, Michael, L. and Harwood, John, L. and Frayn, Keith, N. and Murphy, Dennis, J. and Michell, Robert, H. Lipids: Biochemistry, Biotechnology, and Health. Wiley- Blackwell, 2016.

[۷۱]

Mandell, Arnold. Quantitative Characteristics of Primary Amino Acid Sequences Predict “Fractal” Measures on Tertiary Structures of Proteins. PN Publishers, 1993.

[۷۲]

Elzinga, Marshall. Methods in Protein Sequence Analysis. Humana, 2011.

[۷۳]

Mandell, Arnold. Quantitative Characteristics of Primary Amino Acid Sequences Predict “Fractal” Measures on Tertiary Structures of Proteins. PN Publishers, 1993.

[۷۴]

Tertiary structures when proteins are folded together

[۷۵]

Neurath, Hans. The Proteins Part 3. Academic Press, 2012.

[۷۶]

Functional enzymes

[۷۷]

Guisan, Jose, M. Immobilization of Enzymes and Cells. Humana, 2013.

[۷۸]

Storey, Kenneth, B. Functional Metabolism: Regulation and Adaptation. Wiley – Liss, 2004.

[۷۹]

Weatherall, David, and Schechter, Alan, N. and Nathan, David, G. Hemoglobin and its Diseases. Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2013.

[۸۰]

برای دریافت نیاز‌های ابزاری و شناخت ابعاد و مقیاس‌ هایی‌ که بدان‌ ها پرداخته شده، نگاه کنید به:

http://htwins.net

[۸۱]

Jiskoot, Wim, and Crommelin, Don. Methods for Structural Analysis of Protein Pharmaceuticals. American Association of Pharmaceutical Scientists, 2005.

[۸۲]

cellular function

[۸۳]

Lehninger, A.L. and Nelson, D.L. and Cox, M.M. Principles of Biochemistry, 2nd Edition. New York: Worth, 1993.

[۸۴]

sheet-like

[۸۵]

cable-like such as tendons and cartilage

[۸۶]

Harold, Franklin, M. In Search of Cell History: The Evolution of Life’s Building Blocks. University of Chicago Press, 2014.

[۸۷]

Drauz, Karl Heinz, and Groeger, Harald, and May, Oliver. Enzyme Catalysis in Organic Synthesis, 3 Volume Set. Wiley – VCH, 2012.

[۸۸]

Shipley, Bill. Cause and Correlation in Biology: A User’s Guide to Path Analysis, Structural Equations, and Causal Inference. Cambridge University Press, 2016.

[۸۹]

synthesis enzymes

[۹۰]

Challoner, Jack. The Cell: A Visual Tour of the Building Block of Life. University of Chicago Press, 2015.

[۹۱]

Guisan, Jose, M. Immobilization of Enzymes and Cells. Humana, 2013.

[۹۲]

snap together

[۹۳]

Parker, Philip, M. Mitochondrial Trifunctional Protein Deficiency – A Bibliography and Dictionary for Physicians, Patients, and Genome Researchers. ICON Group International, 2007.

[۹۴]

Batmanian, Laura, and Worrall, Simon, and Ridge, Justin. Biochemistry for Health Professionals. Mosby Australia, 2011.

[۹۵]

Barresi, Michael, J. F. and Gilbert, Scott, F. Developmental Biology. Oxford University Press, 2019.

[۹۶]

Toole, Glenn, and Toole, Susan. Biology in Context for Cambridge International A Level. Oxford University Press, 2017.

[۹۷]

Berg, P. and Singer, M.F. Dealing with Genes: The Language of Heredity. Sausalito, CA: University Science Books, 1972.

[۹۸]

Toole, Glenn, and Toole, Susan. Biology in Context for Cambridge International A Level. Oxford University Press, 2017.

[۹۹]

Makkar, Harinder, P. S. and Sidhuraju, P. and Becker, Klaus. Plant Secondary Metabolites (Methods in Molecular Biology.) Humana, 2007.

[۱۰۰]

Levy, Daniel, E. and Fuegedi, Peter. The Organic Chemistry of Sugars. CRC Press, 2005.

[۱۰۱]

Robyt, John, F. Essentials of Carbohydrate Chemistry. Springer, 2012.

[۱۰۲]

Gold, Edwin Richard. Receptor-Specific Proteins: Plant and Animal Lectins. Excerpta Medica, 1975.

[۱۰۳]

Chang, Raymond, and Goldsby, Kenneth. General Chemistry: The Essential Concepts. McGraw Hill Education, 2013.

[۱۰۴]

Eljamil, Ashour Saleh. Lipid Biochemistry for Medical Sciences. iUniverse, 2015.

[۱۰۵]

Yurifuji, Bumpei. Wonderful Life with the Elements: The Periodic Table Personified. No Starch Press, 2012.

[۱۰۶]

Sato, Kiyotaka. Crystallization of Lipids: Fundamentals and Applications in Food, Cosmetics, and Pharmaceuticals. Wiley – Blackwell, 2018.

[۱۰۷]

Frankel, Edwin, N. Lipid Oxidation. Oily Press Lipid Library Series, 201.

[۱۰۸]

Mawdsley, James. Living: The Fat of Life, Part I & Part II – Understanding Cholestrol. Amazon Digital Services LLC, 2014.

[۱۰۹]

Oz, Mehmet, C. and Roizen, Michael, F. In Your Trunk: Your Liver and Pancreas. Harper Collins eBooks, 2009.

[۱۱۰]

McGenity, Terry, J. and Timmis, Kenneth, N. and Balbina, Nogales Fernandez. Hydrocarbon and Lipid Microbiology: Synthetic and Systems Biology – Applications. Springer, 2016.

[۱۱۱]

Watson, Ronald Ross, and De Meester, Fabien. Handbook of Lipids in Human Function: Fatty Acid. Academic Press and AOC Press, 2015.

[۱۱۲]

fat substitute

[۱۱۳]

Nosrat, Samin, and McNaughton, Wendy. Salt, Fat, Acid, Heat: Mastering the Elements of Good Cooking. Simon & Schuster, 2017.

[۱۱۴]

Berryman, Paul. Advances in Beverage and Food Labelling: Information and Regulations. Woodhead Publishing, 2014.

[۱۱۵]

Ngo, Tridung. Cellulose to Nanocelluloses: Production, Properties and Applications. Nova Science Publishing Inc., 2019.

[۱۱۶]

Krautwurst, Dietmar. Taste and Smell (Topics in Medicinal Chemistry.) Springer, 2017.

[۱۱۷]

Foster-Powell, A. and Brand-Miller, Jennie. The Glucose Revolution Pocket Guide to Diabetes. Da Capo Lifelong Books, 2000.

[۱۱۸]

Holmes, Bob. Flavor: The Science of Our Most Neglected Sense. W. W. Norton & Company, 2017.

[۱۱۹]

Chartier, Francois. Taste Buds and Molecules: The Art and Science of Food, Wine, and Flavor. Houghton Mifflin Harcourt, 2013.

[۱۲۰]

Black, Marco, and Fotherington, Susan, and Osman, Sibel. Health & Nutrition. International Government Data on Calories, Carbohydrates, Sugar and Fat Counting. Createspace Independent Publishing Platform, 2016.

[۱۲۱]

Coulston, Anna, M. and Boushy, Carol, J. and Ferruzzi, Mario, and Delahanty, Linda. Nutrition in the Prevention and Treatment of Disease. Academic press, 2017.

[۱۲۲]

Crouse, Dennis, N. Prevent Alzheimer’s, Autism and Stroke: With 7 Supplements, & Life-Style Choices and a Dissolved Mineral. Createspace Independent Publishing Platform, 2016.


 ———————-

ر. رخشانی

«بدنبال یاد[۱]‌»

“عشق‌ هایی‌ کز پی‌ رَنگی‌ بُوَد

عشق نبوَد عاقبت ننگی بُوَد”

مولوی

فضیلتی ­ست در یادهایِ بیدار

در لفظِ اندک، معنایِ بسیار.

جلویِ تختخواب،  دَمپاییِ گُلدار،

صدایِ خروسِ بی ­محل،

بویِ دود و سیگار.

باز،

سال‌ هایِ گمشده در میانه،

سفر‌هایِ دور و دراز

برایِ باهم بودن

در شهر‌هایِ سکوت، یا کوچه­ هایِ ترانه،

چندین بار عُذر

چندین نمایشگاه بهانه.

شب‌ ها

صدایِ ناراحت­ کننده­ یِ کانال‌ هایِ ماهواره،

مهمانی‌ هایِ تمام ­نشدنی‌

با برخی‌ آدم‌ هایِ بیگانه،

«هنرمندانِ» حَسَد

یکی‌ دو دُردانه،

بالش‌ هایِ ناراحت

کتاب‌ ها و بوسه‌ ها

ماهِ پشتِ شیشه،

 بازیِ انگشتان ‌ام

در همآغوشی‌ هایِ شبانه.

باز

دیباچه­ ی لحظاتِ من

در عِلم، شعر و مِهر،

دفترچه­ ی خاطراتِ تو

در هنر، شهرت و جواهر،

ترورِ مِهر

در زیاده­ خواهیِ‌ زمانه.

روز‌ها،

آب­ دادنِ گلدان ‌ها

بویِ قهوه ­یِ صبح،

برقِ لبخندِ چشمان­ ات

در نگاهِ دزدانه.

باز زخم‌ هایِ من

که هنوز هستند

می ‌‌توان در شتاب‌ ها شنید

اگر وجدانِ شنیدنی باشد،

شاید هم صدایِ سِشوار آرایشگر اجازه ندهد!

می‌‌ توان در کتاب‌ ها دید

اگر چَشمِ دیدنی‌ باشد،

 شاید هم زَرق­ و بَرقِ رَنگ اجازه ندهد!

اما در تنهایی‌ و سکوت

نه صدایی می ‌‌مانَد، نه رنگی،

آدمی‌ هست و خودش

در گذارِ سال‌ ها

           و اینکه:

“اگر هرچه کرده ‌ای بیهوده بود چه؟

دروغ بود چه؟”

—————————

[۱]

Rakhshani, R. Selected Poems. Craetespace, An Amazon.com Company, 2014.

بخش ۶۰ این نوشته

خروج از نسخه موبایل