در ایران از مهم‌ترین چهره‌هایی که با کسروی مخالفت شدید کرده بودند روح‌الله خمینی بود، روحانی‌ای که تازه چهل و اندی سال سن داشت و به تدریج نامی برای خود به هم می‌زد. کتاب «شیعه‌گری» در بهمن ۱۳۲۲ با زیرعنوان «بخوانند و داوری کنند» منتشر شده بود. خمینی در اردیبهشت ۱۳۲۳ نامه‌ای سرگشاده با عنوان «بخوانید و به کار بندید» در پاسخ به آن منتشر کرد که در آن از یک طرف به رضا شاه پهلوی به عنوان «یک نفر مازندرانی بیسواد» که دارای «مغز خشک» و «بی‌شرف» بوده حمله کرد و از سوی دیگر به کسروی به عنوان «یک تبریزی بی‌سر و پا.» خمینی نوشت: «امروز شماها در پیشگاه خدای عالم چه عذری دارید؟ همه دیدید کتابهای یک نفر تبریزی بی‌سروپا را که تمام آیین شماها را دستخوش ناسزا کرد و در مرکز تشیع به امام صادق و امام غایب – روحی له الفداء – آن همه جسارتها کرد و هیچ کلمه از شماها صادر نشد. امروز چه عذری در محکمه خدا دارید؟ این چه ضعف و بیچارگی است که شماها را فرا گرفته؟»

خمینی در ضمن در همین سال کتاب «کشف‌الاسرار» را که اولین اثر مهم او است منتشر کرد. این کتاب در پاسخ به کتاب «اسرار هزارساله» نوشته علی‌اکبر حکمی‌زاده، طلبه‌ طرفدار کسروی در قم، نوشته شده بود که در سال ۱۳۲۲ توسط نشر پرچم و چاپخانه پیمان قم به بازار آمده بود. با این حساب تحریک علیه کسروی و هوادارانش از برنامه‌های اصلی خمینی در این مقطع بود. در همین حال، علمای بسیار دیگری،‌ بخصوص در شهر کسروی، تبریز، بی‌پرده خواهان اعدام او بودند.

کسروی خود از تهدیدهای موجود علیه جانش با خبر بود و در سال ۱۳۲۳ به نخست‌وزیر وقت، مرتضی قلی‌بیات (سهام‌السلطان) در این مورد نامه نوشته بود و خواهان عمل شده بود. در آن روزگار اما رسم دولت‌های وقت بیشتر سازش با روحانیون و امتیاز دادن به آن‌ها بود: از عدم تعقیب مرتکبین جنایات علیه بهایی‌ها تا پایان مدارس مختلط که در زمان رضا شاه آغاز شده بودند.

نواب صفوی در چنین فضایی بود که به همراه دستیارش، خورشیدی، آشکارا دست به اولین سوقصد به جان کسروی زدند. در ۲۹ فروردین ۱۳۲۴ بود که در میدان حشمت‌الدوله تهران با چاقو و اسلحه‌ای که با حمایت مالی آیت‌الله شیخ محمد حسن طالقانی، امام جمعه مسجد سیف‌الدوله تهران، تامین شده بود به کسروی حمله کردند. دو ضارب اما علیرغم بازداشت شدن با توجه به جو مماشات با مذهبیون افراطی پس از مدتی کوتاه آزاد شدند. تاجری ثروتمند از هواداران‌شان وثیقه را پرداخت کرده بود. با این‌که گزارش پزشکی تاکید کرده بود که گلوله از پشت به کسروی خورده، گزارش پلیس بی‌شرمانه مدعی شد که حرکت نواب برای دفاع از خودش بوده است! کسروی اما ساکت نمی‌نشست و در گفتگو با روزنامه‌های وقت این ادعا را به سخره کشید.

دولت‌های وقت اما نه تنها از کسروی دفاع نمی‌کردند که خود دست به تعقیب او زدند. محسن صدر که در خرداد ۱۳۲۴ نخست‌وزیر شد هم گرایشی به روحانیون داشت و هم شاید خصومتی شخصی با کسروی. چرا که کسروی در کتاب «سرنوشت ایران چه خواهد بود» به شدت به او تاخته بود و در موردش نوشته بود که: «او نام بدی در تاریخ مشروطه به یادگار گذارده. در آن روزی که مردان غیرتمند در برابر استبداد بالا افراشته، برای استوار گردانیدن بنیاد مشروطه می‌کوشیدند، این مرد در نتیجهٔ نافهمی و غرض‌ورزی با مشروطه خواهان دشمنی نموده، افزار دست هواداران استبداد گردیده، عضو انجمن آل محمد بوده، در باغشاه مستنطقی کرده. این بدنامی نبایستی فراموش گردد.» دکتر محمد مصدق و نمایندگان حزب توده هم قبلا در صحن مجلس در مخالفت شدید با نخست‌وزیری صدر صحبت کردند و مصدق مشخصا او را بخاطر «اطاعت کورکورانهٔ وی از احکام دیکتاتوری» در گذشته مورد انتقاد قرار داد. صدر اما با این همه نهایتا موفق شد از مجلس رای اعتماد بگیرد. او نخست‌وزیر شد و از جمله اقداماتش آغاز دعوی قضایی کسروی و دادگاهی کردن او بود.

اما دادگاهی شدن تحریکات روحانیون علیه کسروی را قطع که نکرد هیچ افزایش هم داد. در اول دی ۱۳۲۴ بود که ۴۰۰ طلبه در مسجد محله خانی‌آباد تهران گرد‌آمدند و خواهان کشتار کسروی شدند. دخالت آیت‌الله سید محمد بهبهانی،‌ روحانی نزدیک به دربار، بود که اوضاع را آرام کرد و آن‌ها را به خانه فرتساد.

اما نواب در پی بیرون آمدن از زندان نه تنها از گرایش قبلی‌اش پا پس نکشید که در روز ۱۰ اسفند بیانیه‌ای به نام «خون و انتقام» منتشر کرد که می‌توان آن‌را مانیفست بنیانگذاری «جمعیت فداییان اسلام» بدانیم. او در این بیانیه به مخالفینش هشدار داد: «ای جنایت‌کاران پلید! شما خویشتن را بهتر از دیگران در زیر پرده‌های مرموز می‌شناسید و بر دقائق جنایات خحود مطلعید، ما هم آزادمردان از خود گذشته‌ایم که باک نداریم و به کمک احتیاجمان نیست. بترسید از نیروی ایمان زمانی که مجال یابد.»

ده روز بعد بود که برادران امامی به دستور نواب صفوی دست به ترور و حذف کسروی زدند. این اولین حرکت «فداییان اسلام» و آغاز خونین برآمدن اسلام‌گرایان بود که می‌رفتند تا به جریانی جدی در تاریخ ایران و جهان بدل شوند.

تایید روحانیون، سکوت ناظرین

در همان روز ترور کسروی بود که حسین طباطبایی قمی که‌ دومین روحانی بزرگ عالم شیعه بود از نجف به احمد قوام،‌ نخست‌وزیر وقت، تلگراف زد و خواهان آزادی سریع ضاربان شد. او در ضمن از قوام گلایه کرد که چرا علنا از ضاربین تقدیر نمی‌کند. قمی که در زمان رضا شاه در جریان مخالفتش با قوانین مربوط به تغییر لباس دستگیر شده بود مدت کوتاهی بعد در پی درگذشت سید ابوالحسن اصفهانی به مرجعیت عام شیعه رسید. او البته خود تنها چهار ماه بعد درگذشت تا مرجعیت به آیت‌الله سید حسین بروجردی برسد. قمی اما پیش از مرگش تاکید کرده بود که ترور کسروی اصلا نیازی به فتوا نداشته و مانند نماز از ضروریات بوده و با این حساب بر آن مهر تایید زده بود.

محمد امینی، تاریخدان، می‌نویسند: «قتل کسروی به جز چند مقاله در روزنامه‌های چپ‌گرا با سکوت روشنفکران و مطبوعات سکولار روبرو شد. اما پاسخ گروه‌های مذهبی و علما شادمانی بود. با نواب و گروه فداییان به عنوان قهرمانان اسلام و شریعت برخورد می‌شد.»

مماشات در مقابل روحانیونی که خواهان خفه کردن صدای کسروی بودند باعث ترور بی‌شرمانه او و قِسِر در رفتن ضاربین شده بود. این روند اما حتی پس از قتل کسروی هم متوقف نشد. آتشی که نواب صفوی در اسفند ۱۳۲۴ با نوای «خون و انتقام» بر پا کرده بود بیشتر و بیشتر شعله‌ور شد.

در خرداد ۱۳۲۷ که عبدالحسین هژیر به نخست‌وزیری رسید دست به عقب‌نشینی‌های عمده در مقابل روحانیون زد. نواب صفوی چهار روز پس از به قدرت رسیدن او تظاهرات بزرگی علیه‌اش سازمان داد. هژیر پس از مدت کوتاهی کنار رفت و اما سال آینده به وزارت دربار منصوب شد. او در آبان ۱۳۲۸ توسط سید حسین امامی کشته شد؛ همان قاتل کسروی که هژیر در آزادی‌اش نقش ایفا کرده بود.

ترورهای فداییان اسلام را اما توقفی نبود. حاجعلی رزم‌آرا، نخست‌وزیر وقت، در اسفند ۱۳۲۹ ترور و کشته شد. در ۵ بهمن ۱۳۳۰ سوقصد به جان حسین فاطمی، توسط محمد مهدی عبد خدایی انجام شد؛ نوجوان ۱۵ ساله طرفدار فداییان اسلام که اکنون دبیر کل این جمعیت است و در جمهوری اسلامی با افتخار از او یاد می‌شود. فاطمی بعدها وزیر خارجه دولت دکتر مصدق شد و در پی کودتای ۲۸ مرداد به جرم این‌که قصدش سرنگونی محمدرضا شاه و برپایی جمهوری بوده اعدام شد. فداییان اسلام در ضمن در آبان ۱۳۳۴ تلاش به قتل حسین علا،‌ نخست‌وزیر وقت، کردند که ناکام بود. اعتراض آنان به پیوستن ایران به «پیمان بغداد» بود و علا را نیز در آستانه سفر به عراق برای شرکت در نشست این پیمان مورد حمله قرار داده بودند. در پی این حمله بود که نواب صفوی و چند نفر دیگر از فداییان اسلام محاکمه و در دی‌ماه ۱۳۳۴ اعدام شدند. اما نخست‌وزیرکشی متوقف نشد و ترور بعدی مهم را دیگر جریان اسلام‌گرا، هیات‌های موتلفه اسلامی، انجام داد: محمد بخارایی در اول بهمن ۱۳۴۳ نخست‌وزیر وقت، حسنعلی منصور، را جلوی مجلس شورای ملی ترور کرد. او چند ماه بعد به همراه چند نفر دیگر اعدام شد.

اما بانگ خونینی که نواب صفوی آغاز کرده بود رفت تا بلای بزرگ‌تری بر سر ایران بیاورد. به قدرت رسیدن خمینی در پی انقلاب ۵۷ منجر به برآمدن اولین حکومت اسلام‌گرای تاریخ معاصر شد. وعده «خون و انتقام» که نواب صفوی در مقابل کسروی مطرح کرد حالا به سراغ کل ملت ایران و جهانیانی آمد که چهل و اندی سال است مجبور به کشیدن جور «جمهوری اسلامی» بوده‌اند؛ جمهوری‌ای که بنیانگذارش ده‌ها سال قبل با تشویق به قتل یک نویسنده و حمایت از تروریست‌های مرتکب آن عیار واقعی خود را نمایان کرده بود.