باستان‌شناسان کمتر از یک ماه پس از آغاز دوباره کاوش‌های باستان‌شناسی در تپه چشمه‌علی شهرری، از کشف نوعی تدفین باستانی و یک اسکلت سه هزار ساله در این تپه هفت هزار ساله خبر دادند. شواهد نشان می‌دهند که احتمالا این اسکلت به دوره سیلک ۳ (حدود ۴۳۰۰ سال پیش از میلاد) مربوط است.

به گفته حمیدرضا ولی‌پور، سرپرست هیئت کاوش تپه چشمه علی ری، این تدفین در معماری دوره سوم سیلک در این تپه کشف شده است و ادامه کاوش‌ها در فصل‌های آتی می‌تواند اطلاعات بیشتری درباره فضاهای معماری این روستا فراهم کند.

کاوش باستان‌شناسی در تپه چشمه علی که حدود سه دهه متوقف بود، به‌تازگی و هم‌زمان با افتتاح پایگاه پژوهش‌های میدانی باستان‌شناسی دانشگاه شهید بهشتی آغاز شده است.

تپه چشمه علی در جنوب تهران، در محدوده شهر باستانی ری و کنار یک چشمه که نامش را از آن گرفته، واقع شده است. این تپه حدود هفت متر ارتفاع دارد و در کنار بقایای دیوار شهر اسلامی ری، با ارتفاع ۱۵ متر به شکل یک برجستگی صخره‌مانند قرار گرفته است. در حال حاضر، این تپه با خیابان‌ها و ساختمان‌های امروزی محصور شده است.

نخستین کاوش‌های باستان‌شناختی در تپه چشمه علی به بیش از دو قرن پیش بازمی‌گردد که ژاک دمورگان، باستان‌شناس فرانسوی، آن را انجام داد. اما کاوش‌های دمورگان ناتمام ماند. پس از آن، تپه چشمه علی بار دیگر با سرپرستی کاردار فرانسه در تهران کاوش شد اما این کاوش‌ها نیز پس از مدتی متوقف شدند.

 در سال‌های ۱۳۱۱ تا ۱۳۱۴، اریش اشمیت، باستان‌شناس آلمانی، کاوش‌های باستان‌شناختی گسترده‌ای در این تپه انجام داد و حدود ۹۰۰ مترمربع از لایه‌های مختلف تاریخی، از جمله لایه‌های پیش‌تاریخی، اشکانی، و گورستان اسلامی را کاوید، اما به دلیل شروع جنگ جهانی دوم و بعد مرگ ناگهانی‌ او، نتایج کاوش‌هایش هیچ‌گاه کامل ارائه نشد.

در سال ۱۳۷۶، محمدرحیم صراف و حسن فاضلی نشلی بار دیگر این تپه را کاوش کردند که نتیجه آن دستیابی به گاه‌نگاری مطلق و نهشته‌های (لایه‌ای از رسوبات) سه دوره نوسنگی جدید، مس‌سنگی انتقالی و مس‌سنگی قدیم بود.

در حال حاضر بخشی از آثار به‌دست آمده از این محوطه باستانی در‌ موزه ملی ایران و شماری هم در موسسه شرق‌شناسی شیکاگو و موزه لوور نگهداری می‌شود.

در طول سه دهه گذشته، به دلیل نبود سیستم‌های نظارت و محافظت، حفاران و سوداگران گنج و اشیای تاریخی بخش‌های زیادی از این محوطه باستانی را تخریب کردند. به‌ طوری‌ که نه‌تنها باستان‌شناسان ایرانی که برخی باستان‌شناسان اروپایی از جمله فردریش زاره آلمانی، درباره روند تخریب تپه چشمه علی با وجود اهمیت باستانی‌ آن هشدار دادند.

دور جدید کاوش‌های باستان‌شناسی در تپه چشمه علی، اواسط آبان و در پی امضای تفاهم‌نامه میان دانشگاه شهید بهشتی با پژوهشگاه میراث فرهنگی و اداره کل میراث فرهنگی استان تهران آغاز شد. این برنامه که بازه زمانی آن پنج سال است، در نظر دارد روند تطور فرهنگی جوامع را از دوره نوسنگی تا دوره مس سنگی مطالعه و برخی فرضیات و نظریات مطروحه درباره دلایل تغییرات فرهنگی در فلات مرکزی ایران و متغیرهای مؤثر بر این فرایند را ارزیابی کند.

به نوشته سعید فتوحی، پژوهشگر باستان‌شناسی، «پیشینه زندگی در چشمه‌علی به حدود هفت تا هشت هزار سال پیش برمی‌گردد؛ زمانی که نخستین افراد در کنار این چشمه‌ دائمی بر بلندای تپه‌ گرد هم آمدند. در دوره باستان این چشمه را سورین یا سورن می‌نامیدند. اما این چشمه که یکی از مهم‌ترین میراث طبیعی استان تهران بود، حالا خشکیده است و عکس‌های قدیمی چشمه‌‌علی جز حسرت چیزی بر دل نمی‌گذارد. در آن عکس‌ها نه عبور مترو چشمه‌ را خشکانده، نه ساخت‌وساز اطراف آن را خفه کرده و نه مسئولی به این محوطه تاریخی باارزش تجاوز کرده است. اطرافش سرسبز است و کودکان که بخشی از فرهنگ چشمه علی‌اند، در آنجا مشغول آب‌تنی‌اند.»

شهر ری آثار تاریخی دیگری همچون برج طغرل، دژ رشکان، قلعه گبری، زندان هارون و آتشکده ساسانی هم دارد که وضعیت بیشتر آن‌ها در نبود نظارت و حفاظت موثر، نگران‌کننده توصیف شده است.