سفر مسعود پزشکیان به قم در شرایطی انجام شد که روز شنبه ۶ تیر ۶۳عضو از اعضای ۸۸ نفره مجلس خبرگان بیانیه‌ای را امضا کرده بودند که «دونالد ترامپ» و «بنیامین نتانیاهو» را «مهدور الدم»خوانده بودند و نوشته بودند اگر «مسلمان متدین» به این رهبران آمریکا و اسراییل دسترسی پیدا کند کشتن آن‌ها «وظیفه شرعی » اوست. در بخش دیگری از این بیانیه آمده بود که مذاکره‌کنندگان باید به خطوط قرمز رهبر جمهوری اسلامی پایبند بمانند و موضوع هسته‌ای را از مذاکرات خارج کنند. 

دبیرخانه مجلس خبرگان روز یکشنبه چند ساعت پیش از انتشار خبر سفر پزشکیان به قم در اطلاعیه‌ای اعلام کرد هیات رییسه مجلس خبرگان این بیانیه را «غیر معمول» و «نامرسوم» ارزیابی کرده است و در بخشی از این اطلاعیه آمده بود: «این که عده‌ای از نمایندگان محترم (مجلس خبرگان) تحت عنوان جمعی از اعضای خبرگان بیانیه منتشر کنند در طول ادوار این مجلس مرسوم نبوده است.»  این در حالی است که بیانیه روز شنبه را نزدیک به سه چهارم اعضای مجلس خبرگان امضا کرده بودند. با این وجود انتشار این اطلاعیه از اختلافات داخلی میان اعضای این مجلس خبر می‌دهد. 

خبرگزاری‌های داخلی ایران گزارش داده‌اند که پزشکیان در دیدار با  ناصر مکارم شیرازی، حسین نوری همدانی، علی کریمی جهرمی و جعفر سبحانی خبر دادند.

حمایت از مذاکرات و دیپلماسی، حفظ وحدت داخلی و تقویت اقتدار ملی، و فشارهای اقتصادی محور موضوعات گفت‌وگوهای رییس جمهور با مراجع قم عنوان شده است. 

به نظر می‌رسد پس از بیانیه تند اعضای مجلس خبرگان و موضع‌گری دیگر اعضای این مجلس پزشکیان برای همراه کردن مراجع تقلید با ادامه مذاکرات به قم سفر کرده است. در گزارش‌های منتشر شده آمده که ناصر مکارم شیرازی در این دیدار تاکید کرده که «هرگونه ضعف و سستی میتواند دشمنان را جسورتر کند و مسوولان باید همزمان با پیگیری دیپلماسی اقتدار کشور را حفظ کنند.»

این دومین سفر مسعود پزشکیان پس از ریاست جمهوری به قم و دیدار با مراجع تقلید است او آبان۱۴۰۳ یعنی  چند ماه پس از آغاز به کار دولت چهاردهم نیز به قم رفت و با چند تن از مراجع تقلید گفت وگو کرد. دیدارهای اول او بیشتر با توصیه‌های مراجع تقلید درباره دولت جدید همراه بود.دیدار روسای جمهور با مراجع تقلید قم برای گرفتن رضایت و حمایت آن‌ها از دولتها امری مسبوق به سابقه است. 

با این حال همزمانی سفر پزشکیان با اختلافات اعضای مجلس خبرگان و بیانیه تند بسیاری از اعضای این مجلس علیه طرف مذاکر کننده و ادامه مذاکرات دیدار اخیر او با مراجع را حائز اهمیت می‌کند.  

روحانی، قم، برجام 

 حسن روحانی در دوران ریاست جمهوری خود  پیش و پس از توافق برجام بارها به قم رفت تا درباره مذاکرات و رفع تحریم‌ها و تاثیر آن بر اقتصاد و معیشت مردم  با  مراجع گفت‌وگو کند. 

پیش از دوران ریاست روحانی اما موضوعات دیگری بیش از سیاست خارجی  در دیدار با مراجع تقلید مورد توجه قرار می‌گرفت. 

 خاتمی و نگرانی‌های حوزه از آزادی‌های اجتماعی

 پس از پیروزی غیرمنتظره «محمد خاتمی» در خرداد ۱۳۷۶، بخشی از حوزه قم نسبت به مفاهیمی مانند «جامعه مدنی»، «آزادی مطبوعات» و «اصلاحات سیاسی» نگرانی‌هایی داشت.

خاتمی در ۲۳ شهریور۱۳۷۶ در نخستین سفر رسمی خود به قم رفت تا به مراجع اطمینان دهد که اصلاحات در چارچوب نظام و قانون اساسی دنبال خواهد شد.  او در دیدار با مراجع تقلید از جمله آیات عظام صافی گلپایگانی، فاضل لنکرانی و مکارم شیرازی تلاش کرد تصویری از اصلاحات ارائه دهد که با مبانی دینی در تعارض نباشد.

در آن دیدارها، دغدغه اصلی مراجع مسایل فرهنگی، آزادی‌های اجتماعی، وضعیت رسانه‌ها و جایگاه دین در حکومت بود. برخی از مراجع نسبت به گسترش فضای باز سیاسی هشدار می‌دادند و خواستار حفظ خطوط قرمز فرهنگی بودند.

احمدی‌نژاد؛ از محبوبیت تا اختلاف

محمود احمدی‌نژاد در سال ۱۳۸۴ با شعار عدالت اجتماعی، مبارزه با فساد و ساده‌زیستی به قدرت رسید و در سال‌های نخست دولتش از حمایت بخش مهمی از روحانیت سنتی برخوردار بود.

او در ۲۷ مرداد ۱۳۸۴، تنها چند روز پس از آغاز به کار دولت، به قم سفر کرد و با مراجع دیدار داشت. در سفر‌های اولیه او به قم، دیدار با مراجع و اساتید حوزه با استقبال نسبتاً مثبتی همراه بود و موضوعاتی مانند عدالت، توزیع ثروت، مبارزه با اشرافیت سیاسی و توجه به محرومان محور اصلی گفت‌وگوها بود.

احمدی‌نژاد حتی در برخی سخنرانی‌های خود در قم تلاش می‌کرد گفتمان دولتش را نزدیک به ارزش‌های انقلابی و دینی معرفی کند و همین امر باعث تقویت رابطه اولیه او با بخشی از حوزه شد.

اما این رابطه به تدریج تغییر کرد. اولین نشانه‌های نارضایتی از احمدی‌نژاد پس از نامه او در اردیبهشت ۱۳۸۵به محمد علی‌آبادی، رییس وقت سازمان تربیت بدنی برای لغو ممنوعیت ورود زنان به ورزشگاه‌ها بود. این نامه با واکنش گسترده روحانیون رو به رو شد. ناصر مکارم شیرازی یکی از مراجع ناراضی بود . او به احمدی‌ژاپ ر تذکر  داد که  پیش از صدور چنین احکامی با روحانیون مشورت کند.. گفت: «مسایل کشور را یک شبه و با یک تصمیم نمی‌توان حل کرد.» 

مواضع اسفندیار رحیم مشایی، یار نزدیک احمدی‌نژاد که طرفداران حکومت آن‌ها را جریان «انحرافی» می‌خواندند انتقادات آیات عظام در قم را در پی داشت چنانچه در سال‌های پایانی دولت دهم، انتقادات برخی مراجع از عملکرد دولت علنی‌تر شد و سفرهای احمدی‌نژاد به قم دیگر با همان فضای حمایتی اولیه همراه نبود.