نظریات آقای طباطبایی برای سال‌ها محل بحث و جدل بود، به ویژه نظریه او درباره «ایرانشهر».

جواد طباطبایی معتقد بود «فهم ایران نیازمند نظریه‌ای برای ایرانشهر ــ یعنی ایران تاریخی ــ در بیرون جهان اسلام است».

او می‌نویسد «تداوم تاریخی ایران، از ایرانشهرِ دوران باستان تا ایران دورۀ اسلامی، یکی از مهم‌ترین ویژگی‌های تاریخ این کشور است. فهم تاریخ کشوری که به‌رغم دگرگون‌های بسیار بیش از بیست و پنج سده تداوم پیدا کرده و توانسته است وحدت سرزمینی، فرهنگ ملّی و ویژگی‌های تمدنی خود را حفظ کند نیازمند مفاهیم و مقولاتی در تاریخ‌نویسی است.»

منتقدان آقای طباطبایی او را «ملی‌گرا» و «ملی‌گرای افراطی» می‌خواندند. در مقابل، آقای طباطبایی نیز در بسیاری از موارد با زبانی تند به منتقدانش تاخته است.

او نویسنده‌ای پر کار بود. «جدال قدیم و جدید»، «زوال اندیشه سیاسی در ایران»، «خواجه نظام‌الملک طوسی»، «دیباچه‌ای بر نظریه انحطاط ایران»، «مکتب تبریز و مبانی تجددخواهی» از جمله کتاب‌های اوست که مورد توجه خوانندگان فارسی زبان قرار گرفت.