محمد محمدعلی پس از بازگشت از سفر شوروی، از آذر ۱۳۵۹ تا ۱۳۶۱ سردبیری فصلنامه «برج» را عهده‌دار شد و بعد از آن نیز در سال‌های آتی به همکاری با مطبوعات و نشریات ادبی و روشنفکری از جمله «دنیای سخن» و «آدینه» همکاری کرد.

در سال ۱۳۶۶ به انتشار مجموعه‌ «بازنشستگی و داستان‌های دیگر» همت گماشت که در آن، به روایت قصه‌های ازکارافتادگی‌ها و گرفتارشدن انسان‌ها در وضعیتی بحرانی پرداخته بود. محمدعلی برای نوشتن این کتاب جایزه «بیست سال ادبیات داستانی» را از آن خود کرد.

او در سال ۱۳۶۹ از سازمان بازنشستگی کشوری به معاونت پژوهشی وزارت فرهنگ و آموزش عالی منتقل شد و در سال ۱۳۷۰ رمان‌های «رعدوبرق بی باران» و «نقش پنهان» را به گردونه طبع سپرد. «رعدوبرق بی باران» به موضوع تقابل سنت‌ومدرنیته می پردازد و «نقش پنهان» روزگار نسلی آرمان‌خواه را به تصویر می‌کشد که در کشاکش زمانه و رویدادهای اجتماعی و سیاسی جامعه، در فضای کابوس‌زده جنگ و بمباران شهرها، دچار پریشانی می‌شود.

مجموعه گفت‌وگو‌هایی از محمدعلی با احمد شاملو، محمود دولت آبادی و مهدی اخوان ثالث نیز در سال ۱۳۷۲ ، و رمان «برهنه در باد» در ۱۳۷۹ به چاپ رسید که عنوان «بهترین رمان سال جایزه ادبی یلدا» را برای نویسنده‌اش به ارمغان آورد.

محمد محمدعلی در دهه ۷۰ شمسی در کنار منصور کوشان، سیما کوبان، هوشنگ گلشیری، محمد مختاری، رضا براهنی، محمد خلیلی و فرج سرکوهی یکی از نویسندگان و امضاکنندگان بیانیه «۱۳۴ نویسنده» در اعتراض به سانسور و دفاع از آزادی حق بیان و اندیشه و نوشتار بود.

او همچنین در جریان قتل‌های زنجیره‌ای به همراه بیست چهره‌ی مطرح فرهنگی، از «ماجرای اتوبوس ارمنستان» جان سالم به در برد. سرنشینان این اتوبوس، اهل قلم و شاعران و نویسندگانی بودند که به دعوت اتحادیه نویسندگان ارمنستان، برای برگزاری شب شعر و داستان و سخنرانی، راهی ارمنستان بودند و قرار بود از سوی دستگاه اطلاعاتی جمهوری اسلامی، با سقوط ساختگی در یک دره به قتل برسند.

محمدعلی از سال ۱۳۷۶ در کنار علی باباچاهی به سردبیری سه ویژه‌نامه شعر و داستان در مجله آدینه پرداخت و در همان دوران رمان «باورهای خیس یک مرده» را به چاپ رساند که با بهره‌گیری از ادبیات اقلیمی و افسانه‌های بومی، به بحران کم‌آبی و سوء مدیریت نهادها اشاره می کرد.

در آغاز دهه ۱۳۸۰ و پس از بازنشستگی، به تدریس داستن‌نویسی در موسسه فرهنگی «کارنامه» روی آورد و داستان نویسان متعددی را تربیت کرد. رمان‌های «آدم و حوا»، «قصه تهمینه»، «جمشید و جمک» و «مشی و مشیانه» از دیگر آثار اوست که در حوزه پژوهش‌های اسطوره‌ای در دهه ۸۰ منتشر شده و مورد توجه قرار گرفته است.

محمدعلی در گفت و گویی با نشریه رودکی، در تعریف رمان پژوهشی اسطوره‌ای چنین گفت: «رمان اسطوره ای قادر است از رازها و سمبل ها و استعاره ها و کنایه ها و زبان رمزگونه متون کهن حجاب بردارد و به خواننده امکان دهد که در وادی آن وادی ثابت، هر آن چه را که [به سبب] پرده‌پوشی ما درباره‌اش سکوت شده، بار دیگر کشف و شناسایی کند. در این نوع ادبی، با تفسیر پیام رمزی اسطوره، عناصر دوام‌پذیر فرهنگ و ادب هر منطقه و اقلیم زنده می ماند.» (مجله رودکی شماره ۱۱، ۱۳۸۵)

محمد محمدعلی در سال ۱۳۸۷ طی مراسمی مورد تقدیر قرار گرفت و لوح سپاس نشر ثالث به او اهدا شد. او پیش از انتخابات ریاست جمهوری سال ۸۸ به همراه همسرش به کانادا مهاجرت کرد تا سال‌های آتی را در کنار فرزندانش بگذراند.

تدریس داستان‌نویسی در خانه فرهنگ و هنر ونکوور از جمله فعالیت‌های محمد محمدعلی بود که در دوران مهاجرتش تاثیر به سزایی را در داستان‌نویسی خارج از ایران داشت.

او همچنین رمان «جهان زندگان» را در سال ۱۳۹۴ (نشر تندیس-تهران) به چاپ رساند که روایتی از کینه‌توزی و کشتار بین دو خانواده، از زبان راویان زنده و مرده در زمان‌های مختلف است.

محمد محمدعلی آخرین رمانش، «خطابه‌های راه راه» را نیمه تمام گذاشت.

گفتگویی بلند از مریم دهکردی با این نویسنده سرشناس در کتاب «واقعیت و رویا» (نشر آفتاب-نروژ) نیز پیشتر منتشر شده که در دو بخش «در سفر» و «در حضر»، به خاطرات او در سفرهایش به شوروی، آلمان، ترکیه، استرالیا و آمریکا و کانادا، و همچنین دریافت‌ها و تجربه‌هایش به وقت نوشتن اشاراتی دارد.

این نویسنده و پژوهشگر سرشناس به نقل از مرتضی مشتاقی (نمایشنامه‌نویس و پژوهشگر ساکن ونکوور) بعد از ظهر پنجشنبه ۲۳ شهریور ۱۴۰۲ در ساعت ۱۵:۲۰ در ونکوور درگذشت.